Quỹ Bảo lãnh tín dụng là tổ chức tài chính nhà nước, hoạt động không vì mục đích lợi nhuận đối với các chương trình bảo lãnh tín dụng cho các doanh nghiệp nhỏ và vừa của thành phố Cần Thơ và ủy thác điều hành tác nghiệp các hoạt động bảo lãnh tín dụng cho đơn vị nhận ủy thác (Quỹ Đầu tư phát triển thành phố). Quỹ Bảo lãnh tín dụng có tư cách pháp nhân, được sử dụng con dấu riêng để hoạt động, giao dịch và hạch toán theo đúng quy định; được mở tài khoản chuyên dùng tại Kho bạc nhà nước và Ngân hàng thương mại để hoạt động. Trụ sở Quỹ Bảo lãnh tín dụng đặt tại địa chỉ: Số 76 - 78 đường Nguyễn An Ninh, phường Tân An, quận Ninh Kiều, thành phố Cần Thơ (trụ sở Quỹ Đầu tư phát triển).

Bộ máy quản lý và điều hành của Quỹ Bảo lãnh tín dụng gồm có Hội đồng quản lý và Ban kiểm soát. Hội đồng quản lý, Ban kiểm soát quỹ có trách nhiệm xây dựng Điều lệ tổ chức và hoạt động của Quỹ Bảo lãnh tín dụng trình Ủy ban nhân dân thành phố xem xét, phê duyệt; thực hiện công tác quản lý, điều hành tổ chức và hoạt động của quỹ đúng mục tiêu, yêu cầu, hiệu quả kinh tế - xã hội, chấp hành đúng quy định pháp luật hiện hành có liên quan.

Ngoài ra, Giám đốc Quỹ Bảo lãnh tín dụng là đại diện pháp nhân, chịu trách nhiệm điều hành và quản lý hoạt động của quỹ trước Hội đồng quản lý quỹ, Chủ tịch UBND thành phố và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Quỹ Bảo lãnh tín dụng.